新型冠状病毒（2019-nCoV）全基因组进化分析否定了近期重组事件导致其出现的假设
近期报道了来自中国武汉市的一种与人际传播和严重人体感染有关的新型冠状病毒（novel coronavirus, 2019-nCoV）。本研究的目标是确定2019-nCoV的遗传关系，并在sarbecovirus亚属内寻找可能的重组。通过RDP4和Simplot v3.5.1研究可能的重组，通过最大似然法和贝叶斯方法进行系统进化分析，证实个体基因组片段中不一致的系统进化聚类。本研究分析表明，2019-nCoV虽然与BatCoV-RaTG13密切相关（基因组序列相似性96.3%），但是显示出与Bat_SARS-like冠状病毒不一致的系统进化聚类。具体来说，在跨越前11 498 nt的5'-部分和跨越24 341~30 696 nt最后的3'-部分，2019-nCoV、RaTG13和Bat_SARS-like冠状病毒形成1个单独的进化簇，而在跨越ORF1a的3'-端的中间区域、ORF1b和几乎一半的刺突区域，2019-nCoV、RaTG13在sarbecovirus分枝内形成1个独立的远缘谱系。2019-nCoV和RaTG13之间的遗传相似性水平表明，后者并不能提供导致人群暴发的确切变异，但2019-nCoV起源于蝙蝠的假设非常可能。本研究证实2019-nCoV基因组不是由β-冠状病毒内的不同谱系的几乎一半基因组嵌合的。这些基因组特征及其与病毒特征和人体毒力的潜在联系需要进一步关注。
（吕新军编译）
